La ciudad fue fundada originariamente el 3 de diciembre de 1629 y por eso lleva el nombre de su Patrono, San Francisco Javier.
Los habitantes de San Javier conmemoran este domingo 394 años de la fundación de su ciudad, junto a las celebraciones en homenaje a su santo patrono, San Francisco Javier.
Los orígenes de esta ciudad se remontan a 1629, cuando el misionero jesuita José Ordóñez llegó a estas tierras con la intención de levantar el asentamiento que llamó Reducción de San Francisco Javier.
Escarbando la historia de Misiones, cabe mencionar que fue este mismo jesuita quien, 12 años después de concretar la reducción guaraní, organizó las milicias jesuíticas, integradas por indios guaraníes, y fue esta misma milicia la que en la Batalla de Mbororé derrotó al invasor bandeirante.
Después de la expulsión de los jesuitas de América, esta reducción corrió la misma suerte que las demás levantadas en la región: quedó abandonada a su suerte.
Casi un siglo después, la refundación de San Javier se produjo oficialmente el 2 de octubre de 1877, luego de la llegada de los primeros colonos europeos.